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    瓊脂糖凝膠電泳實驗

    發(fā)布時間: 2024-02-29  點擊次數(shù): 609次

    一、瓊脂糖凝膠的特點

    核酸分子是兩性解離分子,在高于其等電點的電泳緩沖液中,其堿基不解離,而磷酸基團(tuán)全部解離,核酸分子因而帶負(fù)電荷,電泳時向正極遷移。


    瓊脂糖主要從海洋植物瓊脂中提取而來并經(jīng)糖基化修飾,為一種聚合鏈線性分子,使用瓊脂糖凝膠作為電泳支持介質(zhì),發(fā)揮分子篩功能,使得大小和構(gòu)象不同的核酸分子的遷移率出現(xiàn)較大差異,從而達(dá)到分離的目的。


    因此,目前多用瓊脂糖為電泳支持物進(jìn)行平板電泳,其優(yōu)點如下。

    (1)瓊脂糖凝膠電泳操作簡單,電泳速度快,樣品不需事先處理就可以進(jìn)行電泳。


    (2)瓊脂糖凝膠結(jié)構(gòu)均勻,含水量大(約占 98%~99%),近似自由電泳,樣品擴(kuò)散較自由電流,對樣品吸附極微, 因此電泳圖譜清晰,分辨率高,重復(fù)性好。


    (3)瓊脂糖透明無紫外吸收,電泳過程和結(jié)果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。


    (4)電泳后區(qū)帶易染色,樣品極易洗脫,便于定量測定。制成干膜可長期保存。


    二、DNA 的瓊脂糖凝膠電泳

    瓊脂糖凝膠電泳對核酸的分離作用主要是依據(jù)它們的相對分子量質(zhì)量及分子構(gòu)型,同時與凝膠的濃度也有密切關(guān)系。


    1、核酸分子大小與瓊脂糖濃度的關(guān)系

    (1)DNA分子的大小在凝膠中,DNA 片段遷移距離(遷移率)與堿基對的對數(shù)成反比,因此通過已知大小的標(biāo)準(zhǔn)物移動的距離與未知片段的移動距離時行比較,便可測出未知片段的大小。

    (2)瓊脂脂糖的濃度 如下表所示,不同大小的DNA需要用不同濃度的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分離。

    瓊脂糖濃度與DNA分離范圍:

    圖片

    2、核酸構(gòu)型與瓊脂糖凝膠電泳分離的關(guān)系

    不同構(gòu)型 DNA 的移動速度次序為:供價閉環(huán) DNA(covalently closed circular,cccDNA)>直線 DNA>開環(huán) 的雙鏈環(huán)狀 DNA。

    當(dāng)瓊脂糖濃度太高時,環(huán)狀 DNA不能進(jìn)入膠中,相對遷移率為 0(Rm=0),而同等大小的直線雙鏈 DNA(剛性棒狀)則可以長軸方向前進(jìn)(Rm>0),由此可見,這三種構(gòu)型的相對遷移率主要取決于凝膠濃度,但同時,也受到電流強度、緩沖液離子強度等的影響。

    三、瓊脂糖凝膠電泳實驗方法

    1、選擇適合樣品預(yù)期片段大小的瓊脂糖凝膠濃度百分比。將瓊脂糖粉末與用于運行凝膠的相同類型的緩沖液(TAE)結(jié)合起來,加熱使混合物融化,避免沸騰。

    2、選擇所需尺寸的凝膠澆注模具和梳子,為樣品和marker提供足夠數(shù)量的孔,以及容納每個待裝樣品數(shù)量的孔容量。

    3、膠凝固后,將凝膠放入電泳儀中,電泳液沒過凝膠,根據(jù)加入量的多少,決定混合多少ul的loding buffer,將樣液混合loding buffer用移液槍加入到凝膠中。

    4、蓋上蓋子,確保電極和蓋子的方向正確,注意正負(fù)極, 打開電泳儀 ,設(shè)定凝膠運行的時間和電壓,根據(jù)樣品大小確定運行時間。

    四、瓊脂糖凝膠電泳實驗技巧和注意事項

    1、瓊脂糖凝膠溶液配制時總液體量不宜超過錐型瓶50%容量。

    2、加熱時可以中途搖動搖動,防止瓊脂糖凝膠凝在錐形瓶底部。

    3、注意不要損傷梳底部的凝膠。防止加樣時樣品漏出。

    4、凝膠濃度越低,分辨的片段越大;凝膠濃度越高,分辨的片段越小。

    5、使用紫外透射儀觀察,紫外光對DNA 分子有損傷作用,不可長時間照射。從膠上回收DNA時,應(yīng)盡量縮短光照時間以減少紫外光切割DNA。

    6、紫光燈下觀察時應(yīng)戴上防護(hù)鏡,以免損傷眼睛。

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